Bahçe Bitkileri Anabilim Dalı Yüksek Lisans Programı ile bilimin gelişme sürecine katkıda bulunmak ve akademik çalışma yapmak isteyen lisans mezunlarına fırsat tanımak amacıyla açılmıştır. Yüksek Öğretim Kanunu’nun amaç ve ilkeleri doğrultusunda, bahçe bitkileri yetiştiriciliği ve ıslahı kapsamındaki spesifik alanlarda uzmanlaşmış, en son bilgi ve yenilikler ile donatılmış, çevre ve insan sağlığını da dikkate alan, akademik anlayışa uygun bir bilgi birikimine ve analitik düşünceye sahip bilim insanlarının yetiştirilmesi bu programın temel amacıdır. Aynı zamanda, öğrencilerin bilimsel ve tarafsız düşünme, problem çözme ve tasarım yeteneği kazanmış, dinamik ve atılımcı, çevre ve toplum bilincine sahip, analitik düşünebilen, donanımlı Ziraat Yüksek Mühendisleri yetiştirmek, AB, TÜBİTAK, DPT ve Yozgat Bozok Üniversitesi-BAP gibi farklı kaynaklardan sağlanan birçok projenin yürütülmesi ve nitelikli öğrencilerin bu projelerde istihdam edilmesi de bu programın somut amaçlarındandır. 

Meyve, sebze, bağ ve süs bitkileri türlerinin biyolojisi, yetiştiriciliği, ıslahı ve biyoteknolojisi ile bitki, tohum fizyolojisi konularında yükseklisans düzeyinde eğitim ve araştırma çalışmaları yapmaktır.