Rektörlüğe bağlı olarak 05.12.2011 tarihinde Yozgat Bozok Üniversitesi Proje Koordinasyon Uygulama ve Araştırma Merkezi kurulmuştur. Proje Koordinasyon Uygulama ve Araştırma Merkezi, iç ve dış kaynaklı BAP, TÜBİTAK, AB, Ulusal Ajans, KOSGEB ve ORAN vb. kuruluşlardan desteklenen projelerinin koordinasyonunu, yeni projeler hazırlanmasını, uygulanmasını ve değerlendirme kapasitesini geliştirilmesini sağlayarak bu kapsamda yeni faaliyetlerde ve eğitim çalışmalarında bulunarak ulusal ve uluslararası düzeyde sosyal, kültürel, ekonomik ve teknolojik gelişim sürecine katkı sağlamayı amaçlamaktadır. Bu amaçla merkezimiz; proje geliştirme, koordinasyon ve danışmanlık, eğitim ve bilimsel toplantılar, proje takibi, proje duyuru ve tanıtım faaliyetleri alanında ve başta üniversiteler olmak üzere ilgili kamu kurum ve kuruluşları, sivil toplum örgütleri ve özel kuruluşlar ile ulusal ve uluslararası düzeyde işbirliği sağlamaktadır.
Üniversitemiz Yönetim Kurulu’nun 11.02.2016 tarihinde almış olduğu kararla; proje konusunda faaliyet gösteren Proje Koordinasyon Uygulama ve Araştırma Merkezi, Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinatörlüğü (BAP) ve Patent Destek Birim’leri aynı çatı altında birleştirilerek daha güçlü ve işlevsel bir yapının meydana getirilmesi ayrıca çalışanların hem kurumsal hem de bireysel anlamda verimliliğin artırılması amacıyla Proje Koordinasyon Uygulama ve Araştırma Merkezi adı altında devam etmeye başlamıştır.
1 Ekim 2021 tarihi itibariyle BAP süreç yönetiminde iyileştirmeler yapılmıştır. BAP Otomasyonundan, BAPSİS Otomasyonuna geçilmiştir. Proje başvurularının elektronik ortamda değerlendirilerek karara bağlanmasında kolaylıklar sağlanmıştır. Aynı tarih itibariyle BAP Yönergesi ve Uygulama Esasları tamamen yenilenmiş, yeni proje türleri düzenlenerek araştırmacıların istifadesine sunulmuştur. Genel Araştırma Projesi, Çok Disiplinli Araştırma Projesi, Endüstriyel Kenevir Araştırma Projesi, Güdümlü Araştırması Projesi, Katılımlı Araştırma Projesi, Uluslararası İşbirliği Projesi, Lisans Öğrencisi Katılımlı Araştırma Projesi, Hızlı Destek Projesi ve Yüksek Lisans, Doktora, Tıpta Uzmanlık vb. Tez Projeleri başvuruları alınmaya başlanmıştır. Proje türlerindeki ve uygulama esaslarındaki güncellemelere bağlı olarak kullanılan belge ve formlar yenilenmiştir. Daha önce mevcut olan Proje İzleme ve Değerlendirme Grupları (PİDEG), proje süreçlerini uzattığı için kaldırılmış, BAP projeleri ile ilgili bütün değerlendirme ve takip işlemleri komisyon üyelerine verilmiştir. Proje değerlendirmelerinin daha objektif yapılabilmesi için ücretli hakemlik sistemine geçilmiştir. Projeler kurum dışından hakemler tarafından incelenerek proje değerlendirme süreçleri şeffaf bir yapıya kavuşturulmuştur. Yeni yönerge ile getirilen “performansa dayalı bütçe limiti uygulaması” ile üretken araştırmacıların teşvik edilmesine yönelik uygulama başlatılmıştır. Destek limitleri, fiyat artışları doğrultusunda güncellenmiştir. BAP proje çıktılarının yüksek etki değerli yayınlara dönüştürülmesi için yeni Yönerge ile proje kapatma şartları güncellenmiş, birçok proje türünde proje kapatma için SCI/SCIE, SSCI ve AHCI indeksli yayın şartı getirilmiştir. Sektörel iş birliğini sağlayabilmek için Üniversite –Sanayi İşbirliği Araştırma Projesi türü yönerge ve usul esaslara eklenerek Üniversite ve sanayi işbirliğinin arttırılması hedeflenmiştir.
2023 yılı içerisinde Etik Kurul ve Patent Destek Birimi, Proje Koordinasyon Merkezinden ayrılmış, TÜBİTAK projeleri hariç KOP, OR-AN, KOSGEB vb. dış destekli projelerin yürütücüsünün bağlı olduğu birim ile işbirliği içerisinde yürütülmesine karar verilmiştir.