Rektörlüğe bağlı olarak 05.12.2011 tarihinde Yozgat Bozok Üniversitesi Proje Koordinasyon Uygulama ve Araştırma Merkezi kurulmuştur.  Kurulan Proje Koordinasyon Uygulama ve Araştırma Merkezi iç ve dış kaynaklı BAP, TÜBİTAK, AB, Ulusal Ajans, KOSGEB ve ORAN vb. kuruluşlardan desteklenen projelerinin koordinasyonunu, yeni projeler hazırlanmasını, uygulanmasını ve değerlendirme kapasitesini geliştirilmesini sağlayarak bu kapsamda yeni faaliyetlerde ve eğitim çalışmalarında bulunarak ulusal ve uluslararası düzeyde sosyal, kültürel, ekonomik ve teknolojik gelişim sürecine katkı sağlamayı amaçlamaktadır. Bu amaçla merkezimiz; proje geliştirme, koordinasyon ve danışmanlık, eğitim ve bilimsel toplantılar, proje takibi, proje duyuru ve tanıtım faaliyetleri alanında ve başta üniversiteler olmak üzere ilgili kamu kurum ve kuruluşları, sivil toplum örgütleri ve özel kuruluşlar ile ulusal ve uluslararası düzeyde işbirliği sağlamaktadır.

Üniversitemiz Yönetim Kurulu’nun 11.02.2016 tarihinde almış olduğu kararla; proje konusunda faaliyet gösteren Proje Koordinasyon Uygulama ve Araştırma Merkezi, Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinatörlüğü (BAP) ve Patent Destek Birim’lerini aynı çatı altında toplamak daha güçlü ve işlevsel bir yapının meydana getirilmesini sağlamak ayrıca çalışanların hem kurumsal hem de bireysel anlamda verimliliğin artırılması amacıyla adı geçen 3 (üç) birim birleştirilerek Proje Koordinasyon Uygulama ve Araştırma Merkezi adı altında devam etmeye başlamıştır.

Daha sonra proje sayılarındaki artış ve personel sayısındaki yetersizlikler nedeniyle Etik Kurul, Patent Destek Birimi, KOP, ORAN vd. (TÜBİTAK hariç) dış destekli projeler yürütücünün bağlı olduğu birim ile işbirliği içerisinde yürütülmesine karar verilmiştir.